危險廢物對生態環境的危害是多方面，主要通過以下途徑對水體、大氣和土壤造成污染。

（1）對水體的污染，危險廢物隨天然降水徑流流入江、河、湖、海，污染地表水；危險廢物中的有害物質隨滲濾液滲入土壤，使地下水污染；若將危險廢物直接排入江、河、湖、 海或者通過打井排入地下水系， 會造成更為嚴重的污染，且多為不可逆的。

（2）對大氣的污染，危險廢物本身蒸發、升華及有機廢物被微生物分解而釋放出的有害氣體會直接污染大氣；危險廢物中的細顆粒、粉末隨風飄逸，擴散到空氣中，會造成大氣粉塵污染；在危險廢物不規范的運輸、貯存、利用及處置過程中，產生的有害氣體、粉塵也會直接或間接排放到大氣中污染環境。

（3）對土壤的污染，危險廢物的粉塵、顆粒隨風飄落在土壤表面，而后進入土壤中污染土壤；液體、半固態危險廢物在貯存過程中或拋棄后灑漏地面、滲入土壤，有害成分混入土壤中會繼續遷移從而導致地下水污染或通過生物富集作用而進入食物鏈等。